Prezada Dra. Monise.
Agradeço imensamente sua pergunta e considero o questionamento de grande relevância.
Quando da entrada em vigor do NCPC, muitos questionamentos foram feitos com relação aos processos em tramitação. Todavia, o art. 1.046 do diploma processual é cristalino ao informar que com a vigência da nova lei suas disposições são aplicadas desde logo, inclusive aos processos pendentes. Assim, entendo que tendo em vista que o processo anterior ainda não tenha sido julgado, o mesmo deverá tramitar pelas disposições do NCPC e com isso, respeitar as novas regras para definição de prevenção e competência.
Espero que a resposta tardia seja de alguma ajuda.

Boa tarde Dra. Aldeni. Agradeço a pergunta e, apesar do tempo para responder, espero que lhe seja de alguma utilidade.
Conforme disposição do NCPC o critério a ser utilizado deverá ser justamente o horário da distribuição, todavia, no caso apresentado, há outra questão a ser apreciada que diz respeito justamente à competência.
Tendo em vista que existe interesse de menor e a necessária participação do Ministério Público, a competência de julgamento deve ficar com o juízo do foro onde a criança reside, no caso, o juízo do interior.
Espero ter ajudado no esclarecimento e retorne para nos relatar a conclusão da demanda.